Los ricos ecosistemas que posee Costa Rica semejan un macrolaboratorio natural, que puede ser usado en la investigación en sus distintas formas. La investigación de especies y ecosistemas, como base para la toma de decisiones, es de suma importancia para una adecuada gestión de la biodiversidad. En Costa Rica, esta tarea la llevan a cabo principalmente centros de investigación, escuelas de las universidades nacionales e internacionales (por ej., investigadores que hacen sus trabajos de graduación en este país), instituciones públicas como el Museo Nacional y organizaciones privadas como CCT, OET, ACM, CATIE, EARTH e INBio.

En el tema marino-costero, el recurso humano que trabaja en los temas de biodiversidad marina y costera en Costa Rica se concentra principalmente en dos universidades estatales: UCR y UNA. También hay algunas ONG que tienen personal laborando en este campo, entre ellas destacan el INBio, la Caribbean Conservation Coorporation (CCC), la Asociación Programa de Tortugas Marinas (PRETOMA), la Asociación ANAI, la Asociación PROMAR, más recientemente el Corredor Biológico Talamanca-Caribe y el INRECOSMAR. También existen ONG cooperantes que aportan recursos para el trabajo marino-costero, como The Nature Conservancy (TNC), el Programa PROARCA-COSTAS (CCAD-TNC-WWF-Unión de Rhode Island), el Programa de Humedales de la UICN y recientemente Conservación Internacional (CI), la cual está iniciando el llamado Programa Global del Océano.¹⁰⁹

Una actividad de investigación fundamental para conocer la riqueza natural del país, qué se tiene y dónde está -y de esta manera poder definir usos sostenibles y conservarla adecuadamente-, es el inventario de las especies y los ecosistemas. Este inventario de recursos se lleva a cabo mediante actividades de campo y de laboratorio, que implican la recolección de especímenes, los cuales se mantienen en colecciones para facilitar su estudio.

De acuerdo con la Ley de Vida Silvestre, cualquier investigación que se realice en áreas silvestres protegidas o esté relacionada con biodiversidad silvestre debe contar con el permiso del SINAC, y cumplir con obligaciones como presentar resultados y copia de artículos de divulagación. 120

Las instituciones, tanto nacionales como regionales, que administran colecciones importantes de especies de plantas, animales y microorganismos con fines taxonómicos, investigativos, educativos o divulgativos, entre otros, son el Museo Nacional, la Escuela de Biología de la UCR y la Escuela de Ciencias Biológicas de la UNA, por parte del sector estatal.¹²¹ En el sector privado y complementando ampliamente los esfuerzos del Estado, las colecciones del INBio son las más importantes en tamaño y representatividad y sus especímenes provienen principalmente de las áreas silvestres protegidas estatales.¹²²

Los grupos de los cuales existen colecciones con mayor o menor grado de desarrollo y sistematización son: virus, bacterias, diatomeas, protozoarios (con usos médicos) y otros invertebrados (esponjas, cnidarios, poliquetos, onicóforos, sipuncúlidos, crustáceos, nematodos), hongos (microhongos y macrohongos con usos médicos y generales, algunos específicos asociados a orquídeas y variedades particulares), moluscos marinos, microalgas, cianobacterias, plantas (cinco herbarios), germoplasma de importancia agrícola, artropodología médica y general, entomología (insectos) médica y general, insectos de importancia económica y vertebrados.¹²¹, ¹²³ Los grupos con mayor representatividad son plantas y vertebrados. Las colecciones de material genético se encuentran principalmente en la UNA, la UCR y el CATIE.

En todas las instituciones mencionadas se hacen esfuerzos por sistematizar la información en formato electrónico (bases de datos). Hasta el momento, el INBio es la única institución en el país que tiene todas sus colecciones sistematizadas en una base de datos (llamada Atta), creada específicamente para el manejo de inventarios de los diferentes grupos que se estudian en el instituto. La sistematización de este tipo de información es fundamental para su ágil actualización, así como para dar respuesta a las necesidades de los diferentes usuarios nacionales e internacionales.

El programa conjunto INBio-SINAC, una iniciativa de integrar acciones para alcanzar objetivos comunes, realiza esfuerzos para llenar los vacíos de conocimiento sobre el estado de las especies en cinco áreas de conservación (ACLAP, ACLAC, ACOSA, ACT y ACA-T) para la toma de decisiones.

La investigación sobre la diversidad de especies y ecosistemas es muy variada, pero todavía no se logra una conexión real con la toma de decisiones en el campo de la conservación. Existe un vacío de estudios integrales, que tratan aséctos ecológicos y análisis de poblaciones silvestres. 124

El programa incluye también fondos para la construcción y mejora de estaciones de investigación en estas áreas. De igual manera, bajo este marco, científicos nacionales han iniciado 26 estudios ecológicos, de los cuales 12 ya concluyeron. Su propósito es aportar bases científicas para la toma de decisiones sobre el manejo y aprovechamiento de la biodiversidad en las ASP. Los estudios generan información sobre algunas especies de vertebrados e invertebrados, particularmente los que están en peligro de extinción. Esto permite un mejor aprovechamiento por parte de las comunidades locales que por muchos años han utilizado estos recursos, sobre cuyo estado y uso no existe ninguna información o ésta es insuficiente.

Los temas que se investigan son diversos e incluyen anidación, biología reproductiva, análisis poblacionales y causas de mortalidad, efectos de usos como pesca, extracción y cacería, evaluación de características de las ASP para el mantenimiento de especies y reintroducción de especies en su hábitat natural.

Entre las especies estudiadas están: danta, jaguar, tepezcuintle, chancho de monte, murciélagos, lanas o musgos, suita (planta utilizada por los indígenas para su artesanía), almeja miona, tortuga lora, cocodrilo, venado, mono tití, oso perezoso y aves como jabirú, jilguero, mozotillo de montaña, lapa roja, paloma blanca y collareja.¹²⁵

Dentro del programa conjunto INBio-SINAC también se desarrolla el proyecto ECOMAPAS, que se inició en 1998 e involucra seis áreas (las cinco antes mencionadas y ACOPAC), lo cual representa el 58,2% del territorio nacional. Este proyecto elabora los mapas de distribución de ecosistemas en estas áreas, incluyendo un sistema de clasificación más preciso para fines de conservación y ordenamiento territorial. Hasta la fecha se han cubierto ACOSA, ACLAP y la cuenca del río Savegre de ACOPAC; se está desarrollando ACLAC y el resto de ACOPAC y se continuará con ACT y ACA-T. El promedio de trabajo por área es de poco más de un año.¹²⁶

Entre los usos a los cuales se destina este tipo de información sobre los ecosistemas del país están: definición de sitios de muestreo de la biodiversidad; generación de conocimiento sobre distribución, ecología e historia natural de las especies; distribución potencial de especies de interés bioquímico; información básica para políticas estratégicas y proyectos futuros; creación de un sistema de seguimiento ambiental de ecosistemas; planificación y manejo de las áreas de conservación; protección de especies endémicas y amenazadas; restauración de ecosistemas y hábitats; regulación de los usos (bio-zonificación de áreas silvestres protegidas) y apoyo a las comunidades y municipalidades.¹²⁷

Para valorar la biodiversidad hay que conocerla.

Además de ECOMAPAS, instituciones como CIEDES-UCR, FONAFIFO, CIMAR-UCR, OET, UNA y CCT realizan o promueven estudios de ecosistemas en temas como cobertura forestal, seguimiento en arrecifes (Cahuita, el más grande del país), Golfo de Nicoya (el ecosistema más estudiado), manejo de humedales y análisis del estado de las cuencas hidrográficas más grandes (por ej. Tárcoles).
En los apartados siguientes se encuentran más detalles sobre investigación.